尚未运行。
| 序列 | 原长 | 剪切后 | gap 数 | gap 比例 | 完整度 |
|---|
若需在命令行复现同样结果，可使用以下等价命令：
–
trimAl Web 是 trimAl 的浏览器版本：把已比对的多序列（FASTA / Clustal / PHYLIP / NEXUS）按质量剪切，去掉 gap 过多或相似度过低的列，得到更可靠的建树输入。全部算法在本地 JavaScript 中运行，不依赖 Python、Java、命令行或网络。
纯前端：直接双击 trimAl-web.html。除比对外的所有功能可用，数据不出浏览器。
带 MUSCLE 比对：在本目录运行 python serve.py，浏览器会自动打开 http://127.0.0.1:8791。服务会自动识别系统并选用对应二进制：Windows 用 muscle-win64.v5.3.exe，Linux 用 muscle-linux-x86.v5.3（必要时自动补执行权限）；也可用环境变量 MUSCLE_BIN 指定其他版本。
也可以直接双击 trimAl-web.html：只要服务在运行，页面会自动探测 8765–8770 端口并连上，顶栏会显示「MUSCLE 5.3 已连接」；没连上时点「重新检测服务」即可，不用重新打开页面。
两种方式下，剪切（trimAl 算法）都在浏览器里计算，结果一致。
比对由官方 MUSCLE v5.3 二进制完成，网页只负责传入序列、取回结果，并按序列名还原原始顺序（MUSCLE 会重排顺序）。剪切算法与比对无关，仍是逐列对拍过的 trimAl 1.4 实现。
gap 统计、第二斜率阈值（gappyout）、相似度（BLOSUM62 欧氏距离 + 序列距离加权）、strict / strictplus 的阈值与邻域回补规则，均按 trimAl 1.4 源码逐行移植，并与 trimAl v1.4.rev15 在随机比对上逐列对拍通过。
唯一已知差异：-cons 在补足列数时，若有多列 gap 数并列，具体补哪几列可能与命令行版不同（保留列数一致）。对建树结果无实质影响。
提示「序列长度不一致」：说明输入尚未比对。用 python serve.py 启动后点第 3 步「开始比对」即可；纯前端模式下需先在外部完成比对。勾选「允许未比对序列补 gap 到等长」只是补齐，不做比对，仅供检查。
序列里还有 X 或 *：在第 2 步保持开启「清除终止符与未知残基」，默认按列删除含 * / X 的整列，保持比对不错位。
结果为空：阈值过严（例如 -gt 1 表示不允许任何 gap；或比对几乎全是 gap）。降低阈值或改用 gappyout。
大比对卡顿：strict / strictplus / automated1 需要计算序列两两距离，复杂度约为 O(列数 × 序列数²)。超过 200 条序列时会明显变慢，建议改用 gappyout 或 gap 阈值。
所有解析、计算、导出都在当前页面完成，不上传任何序列，也不写入服务器。关闭页面即清除。